En 1888, s’ouvre une école marquée par la culture française, l’école Sainte-Catherine sur le territoire de la paroisse de Saint-Louis des Français. L’école s’agrandissant, il est décidé de construire un nouveau bâtiment en face de l’école Saint Philippe au 7a de la rue Milioutinski (bâtiment actuel du collège et lycée du Lycée Alexandre Dumas).
En 1900 l’école comptait 162 élèves. Avec les événements de février 1917 de nombreuses familles ruinées quittent la Russie pour la France et le nombre d’élèves diminue drastiquement.
En 1946, l’école se voit attribuée le numéro 287 et devient une école scientifique qui scolarise les enfants de la nomenklatura du régime. On comptait environ 500 élèves. L’école est ensuite fermée à la fin des années 1960 et devient une annexe pour les archives du KGB.
En 1958, une nouvelle école ouvre dans les locaux de l’ambassade de France qui est au cœur d’une communauté très réduite avec une dizaine d’élèves. Après 3 ans d’existence une institutrice française est recrutée en France par le service culturel de l’ambassade de France en France, Mme Cailleux-Itkis, pour 15 élèves d’abord, puis 33 élèves.
En 1979, l’école quitte l’ambassade pour s’installer dans les locaux de l’immeuble de France. L’école devient une « Ecole d’ambassade ». Sa direction est confiée à un fonctionnaire de l’éducation nationale détaché auprès du Ministre des Relations Extérieures. A noter qu’au regard de l’Etat soviétique, elle ne peut exister que sous couvert de l’Ambassade. Après des travaux, le site de IDF est une école pouvant accueillir 300 élèves.
En 1984, l’établissement accueille 521 élèves, en enseignement direct de la maternelle à la 2nde, et quelques élèves plus âgés en enseignement par correspondance. L’établissement, qui connaît un grand succès, est alors saturé.
En 1997, le bâtiment historique rue Milioutinski est attribué à la France sous la forme d’un bail de 49 ans, les travaux commencent en 1999, et en janvier 2005 le bâtiment est officiellement inauguré. Le lycée français est alors implanté sur 2 sites : IDF (école maternelle et primaire) et Milioutinski (quelques classes primaires, collège et lycée). Les effectifs grandissants, un troisième site est alors ouvert dans une école russe.
En 2015, le LFM inaugure l’école maternelle et primaire Ivan Bounine. Le LFM est donc implanté maintenant sur 3 sites : IDF, l’école Ivan Bounine et Milioutinski.
Et en 2017, le LFM adopte un projet d’agrandissement pour le LFM pour son site rue Milioutinski.